----医院科室设置齐全，有内科、外科、妇产科、儿科、和中医科等一级临床科室22个。心血管内科、呼吸内科、血液病科、肾内科、内分泌科、风湿内科、泌尿外科、胸外科、骨科、小儿外科、肾移植科和腹腔镜专科等二级临床科室21个。医学影像中心、病理科、检验科、核医学科和伽玛刀中心等医技科室22个。
----1. 血液内科
----血液内科是暨南大学具有博士学位授予权的学科，也是广东省“五个一科教兴医工程”重点专科，设有门诊专科病房、骨髓移植病房、临床专科实验室（血细胞形态室、血液生化室、出凝血室、细胞生物学室、造血干细胞室和分子生物学实验室）和血液病研究室，由国内著名血液科专家郁知非教授创办，现有博士生导师２名，主任医师、副主任医师、副研究员７名（硕士生导师４名），具有博士学位５人，硕士学位６人。该科对常见和疑难血液病、恶性血液病（白血病、恶习性淋巴瘤、骨髓瘤）等血液病的诊断及治疗技术在国内享有盛名。1989在广东省开展首例自体骨髓移植治疗白血病获得成功，1996年又率先在省内开展不含放疗的预处理方案的异基因骨髓移植和外周血造血干细胞移植，接受移植的患者全部移植成功，长期追踪无一例死亡和复发。该科目前的骨髓和造血干细胞移植方法具有并发症少，风险小，住院费用低，移植后生活质量好等优点。
----2. 眼科
----眼科是暨南大学博士点，现拥有博士生导师2人，医学博士7人。该科开展的角膜病与角膜移植术居全国同行前列。“异种角膜表面镜片术的研究”获国家教委科技进步一等奖，眼化学烧伤及眼表重建术的研究居国内先进水平。白内障超声乳化手术使众多患者重见光明。采用KTP激光、高频电烧灼实施泪道复通为泪道病患者解除了痛苦。此外，眼科还拥有视觉电生理仪、全自动视野计、眼底照像机与图像处理系统眼底激光治疗机等一大批先进设备，为相关眼病的诊治提供了保证。
----3. 妇产科
----妇产科是暨南大学博士点，现有正教授、主任医师5人，副教授、副主任医师7人，主治医师6人。其中博士生导师1人，博士3人。该科开展的有关胎盘和子宫内膜超微结构的系列研究成果居国内领先水平。开设有妇科肿瘤、妇科内分泌、不孕症、妇科炎症、计划生育、高危妊娠和优生咨询等教授门诊；收治各种妇科病人，开展了各种妇科手术，其中以妇科肿瘤手术最具特色；接收产妇分娩，处理各类高危妊娠，配备有B超羊膜镜、中央胎儿监护仪、胎儿心电图和胎儿脐血流图等多种监护设备，对各种高危妊娠孕妇施行重点监护和处理。爱婴区环境良好，母婴同室。
----4. 泌尿外科
----泌尿外科是广东省“五个一科教兴医工程”重点专科，设有普通泌尿外科、腔内泌尿外科、肾脏移植及男性学等多个专业，各专业均有资深学术带头人，在泌尿外科疾病的治疗和诊断方面、泌尿系男性生殖系恶性肿瘤根治手术方面及肾脏外科和KTP/YAG激光系统临床治疗方面，居国内领先水平。能熟练完成后腹膜淋巴清扫术、经尿道前列腺切除术、肾肿瘤根治术及膀胱、阴道、直肠瘘修补术、肾移植术、根治性肾癌切除术、根治性前列腺切除术、根治性全膀胱切除术——回肠新膀胱成形术（经尿道排尿），应用膀胱镜、电切镜、腹腔镜、输尿管镜等先进仪器进行泌尿系统手术等。肾移植专科技术水平达国内先进水平。临床业务发展迅速，收治的患者来自海内外，手术成功率100%，术后一年存活率94%，3年存活率85%。肾移植病房设有ICU病床10张，各项心电监护设施齐全，术后实行24小时特别护理。
----5. 儿科
----儿科为广东省“五个一科教兴医工程”重点专科，技术力量雄厚，尤以新生儿专业、血液病专业和肾脏病专业最具特色。科室所开展的新生儿行为神经检查、荧光斑点试验改良法筛查G-6PD缺陷技术、膀胱输尿管返流和返流性肾病的研究等位于省内先进行列。
----6. 骨科
----骨科在矫形外科、创伤骨科、脊椎外科、关节外科、显微外科和骨肿瘤诊治等方面居国内先进水平，尤其在开展小儿麻痹后遗症的矫治方面成绩卓著，治疗患者近2万例，并多次主持国际、国内小儿麻学术研讨会，1993年被定为“广东省小儿麻痹后遗症矫治中心”。另外，还采用国际先进的“AO”内固定技术，治疗了近5000例骨折伤员，疗效十分理想。
----7. 耳鼻咽喉科
----耳鼻咽喉科是暨南大学硕士点，承担国家自然科学基金等各种科研项目十余项，除可诊治各种耳、鼻咽、喉、食道、气管疾病及疑难杂症外，尤其专长于喉、鼻咽、鼻窦等头、颈部肿瘤及侧颅底手术；各种中、内耳手术，特别是鼓室成型术、耳硬化症，并配有相应的听力系统检查；筛前神经切断术治疗过敏性鼻炎；外伤引起失明的视神经管减压手术等。还开展了鼻内窥镜、纤维鼻咽、喉镜、纤维食道镜等一整套的窥镜系统检查和治疗。
----8. 消化病中心
----消化病中心设备精良，技术先进，配备有电子胃镜、电子肠镜、电子十二指肠镜、24小时PH及胃肠动力检测仪等先进设备，能对消化系统（食道、胃肠及肝、胆、胰）疾病做出准确诊断，并开展了各种损伤痛苦少的内镜治疗技术（如内镜激光技术、微波技术等）治疗消化道息肉、出血、狭窄梗阻、晚期肿瘤等。消化病房成功地抢救了消化道大出血、重症胰腺炎、肝性脑病等危重病，使许多消化系疾病患者得到康复。
----9. 腹腔镜专科
----该院自1991年9月始开展腹腔镜外科手术，是国内最早引进该技术的医院之一。现拥有美国、德国和日本生产的先进电视腹腔镜手术仪器3套，美国超声止血刀1套。已成功开展肝切除、腹切除、胃大部切除、结肠癌切除、胆管手术、单纯性肥胖病人的胃减容手术等50余种腹腔镜外科技术，技术水平居国内先进水平。所开展的《扩大腹部外科疾病的腹腔镜手术适应症的临床研究》通过广东省卫生厅成果鉴定。
----先进设备
----医院装备有全身CT、磁共振成像系统（MR）、数字减影血管造影机（DSA）、ECT、彩色B超、伽玛刀治疗系统、全自动生化分析仪、彩色多普勒、内窥镜系统、电子显微镜、钴-60、高压氧、体外震波碎石机等先进的设备，为临床、教学和科研的开展提供了保证。