----中山三院临床科室齐全，有急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、传染病科、神经内科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤性病科、康复科、中医科、精神科、麻醉科等15个临床学科；有风湿病、呼吸、消化、血液、肾病、内分泌、心血管、普通外科、心胸外科、神经外科、泌尿外科、骨外科、烧伤外科、小儿遗传、新生儿、神经内科、精神、心理咨询等22个专科；医技科室有药剂、放射、检验、核医学、病理、高压氧治疗中心、手术室等12个科室，还设有各类功能检查室及治疗室10多个。
----1、 传染病科
----现有病床152张，教授（主任医师、研究员）8人，副教授14人，讲师、主治医师27人，护士65人，其中博士导师2人，硕士导师18人。有3位医师被聘为中央保健会诊专家，本科在国内较早开展了肝炎病毒的血清学和核酸检测；在各型肝炎病毒感染的实验与临床诊断研究方面与国际保持同步；在病毒性肝炎的预防与治疗，尤其是在重症肝炎的抢救和治疗方面，具有显著的特色，处于国内先进水平，2000年被评为广东省重点学科。
----2、 精神心理科
----现有病床60张，教授（主任医师）4人，副教授5人，主治医师5人，该科是国内最早在综合医院开展心理咨询的专科之一，为广东省内规模最大、力量最为雄厚的心理专科，是广东省定点精神疾病鉴定单位。该科在诊治老年心理或精神障碍、儿童少年心理障碍、脑器质疾病（如脑动脉硬化、老年性痴呆等）所致精神障碍、躯体疾病所致精神障碍，神经症（也称神经官能症，包括焦虑症、恐怖症、神经衰弱、强迫症等）和抑郁焦虑、精神分裂症等到疾病方面均取得较好的疗效。
----3、 儿童发育行为中心
----中山大学附属第三医院儿童发育行为中心是广东省首个儿童发育行为障碍防治的专门机构，目前在儿童发育行为障碍的防治方面处于国内领先水平。中心拥有一支结构合理、阵容强大的专业队伍。中心由五个部门组成：行为观察室、心理测量室、神经电生理室、咨询和训练治疗室。占地面积约300平方米。中心配备了当今最先进的儿童发育行为检测和训练治疗设备；与日本美国以及香港等地的有关学术机构建立了良好的合作关系。中心开展的主要工作有：（1）学习障碍的家长咨询和心理辅导治疗；（2）儿童多动症的行为治疗和感觉综合治疗；（3）儿童自闭症的结构化教育、应用行为分析和感觉（含听觉）综合治疗；（4）问题行为儿童的行为矫正训练；（5）脑瘫和运动障碍儿童的康复治疗；（6）早产儿和高危新生儿的早期干预治疗；（7）儿童早期教育咨询；（8）儿童心理卫生健康教育讲座。
----4、 血液肿瘤科
----现有病床29张，有教授2人，副教授4人，中级职称3人，其中硕士生导师3人。该科是在广东省较早开展骨髓移植的单位之一。广东省第一例用异体骨髓移植治疗成人急生白血病的病例，在该科完成并获得成功，该患者已无病生存5年多。该科在开展自体、异体、无关供者造血干细胞移植治疗白血病方面有较高水平。急性白血病初治完全缓解率达国内先进水平；对疑难血液疾病的诊疗水平较高；实体肿瘤的内科治疗均有较好的疗效。
----5、 耳鼻咽喉科
----现有病床28张，有教授3人，副教授2人，主治医师6人，该科以鼻内窥镜外科学的基础与临床研究著称全国，是国内公认的我国内窥镜外科学、内窥镜鼻眼相关外科学、内窥镜鼻颅底外科学的创始单位，相关研究水平达到国际先进、国内领先水平。其中，鼻眼相关、鼻颅底外科临床研究达到国际领先水平，在耳显微外科、喉显微外科、头颈外科、听力学、嗓音医学、分子生物学研究等方面均有很强的学术实力。
----6、 康复科
----现有病床21张，副教授2人，主治医师2人。该科是一个独立的多功能临床学科在国内专业同行中具有较高的知名度，在广东省康复医学界具有重要地位与影响。其特色治疗项目有：神经肌肉促通技术、关节松动技术、支具矫形器制作、吞咽障碍处理、语言治疗、认知感知障碍恢复训练。该科现有设备70%系国外进口或赠送，名符其实的一流设备。有神经网络重建仪、语言治疗分析系统、减重支持系统、平衡分析系统、站立倾斜台、多体位治疗床等。
----7、 介入放射科
----该科现有病床26张，教授1人，副教授2人，主治医师 11人。该科于1985年设立介入肿瘤专科，是全国率先开展介入治疗的医院之一。所开展的介入治疗项目主要有：恶性肿瘤的介入治疗，包括全身各系统恶性肿瘤区域性化疗及栓塞治疗等；中枢神经系统的介入治疗，其中脑动脉局部溶栓治疗、颈动脉狭窄性病变的内支架治疗等尖端介入治疗技术均为全国最先开展与应用。
----8、 风湿专科
----该科现有病床20张，教授3人，副教授2人，讲师、主治医师4人。该专科1988年被定点为卫生部抗风湿药物临床药理基地，内设抗风湿药研究室，主持和接受省内外抗风湿新药的临床试验和临床验证工作。1995年被定为广东省重点专科，主要医疗专长为：类风湿性关节炎、重症狼疮、风湿热、强直性脊柱等的治疗。
----9、 胸心外科
----现有病床33张，贵宾病床2张（VIP病床），国际一流的重症监护室1间，监护病床3张。教授1人，副教授2人，主治医师3名。该专科肺癌诊治技术已达国际、国内的先进水平，已综合性治疗各期肺癌500余例，并成功开展气管肿瘤切除隆突重建、巨大纵膈肿瘤切除等高难度手术十余例。该科也是省内最早引进国际先进的微创胸心外科手术技术——电视胸腔镜手术的专科之一，已完成血气胸、支气管扩张、动脉导管未闭、肺转移癌等微创手术治疗280余例；开展心脏外科工作已7年，完成各种先天性心脏病、风湿性心脏病及冠脉搭桥等手术100余例。现有监护仪、呼吸机、胸腔镜、床边X光机、血气分析仪等各种先进的诊疗和抢救设备。
----10、 骨科
----现有病床38张，有教授1人，副教授2人，主治医师5人，其中博士导师1 人。该科是医院建科最早的科室之一，我国著名的骨科专家邝公道教授曾在骨科工作，为该科的发展打下了良好的基础。九十年代以后骨科得到了很大发展，成为以关节外科、创伤骨科、脊柱外科为重点的、实力较为雄厚的综合学科。该科在关节镜技术及人工关节外科的临床和基础研究方面达国内先进水平。该科也一直重视国内外交流与合作，与美国哈佛大学医学院、澳大利亚墨尔本皇家医院建立了良好的合作关系。近年来，为适应学科发展的要求购置了大批先进医疗设备，德国Wolf、美国及日本Olympus关节镜系统，美国骨科动力器械，德国Martin骨科技术床，日本东芝C-X线机等，为进一步提高医疗质量、加速学科发展提供了良好的基础。
----11、 普外科
----现有病床65张，有教授1人，副教授3人，主治医师5人，该科技术力量雄厚，整体实力居国内先进行列。尤其在肝炎肝硬化、门静脉高压症的诊治方面有较深入的研究，积累了丰富的临床经验，每年完成各种门静脉高压症手术百余例。该科还是国内较早开展腹腔镜手术的单位之一，成功完成了全国首例“腹腔镜脾切除+胃冠状静脉栓塞术”，为肝硬化上消化道出血患者提供了新的治疗方法。近年来在肝癌、胰腺癌、胆道肿瘤的手术治疗以及消化道疾病的内窥镜治疗方面亦取得了长足的进步，开展了一些先进的治疗技术，治愈率和生存率逐年提高。该科拥有各种先进的医疗设备，如电子胃肠镜、胆道镜、腹腔镜、术中B超、呼吸机、超声刀等，重症监护室配备全自动电脑监测系统，为手术患者的顺利康复提供了保障。
----12、 泌尿外科
----现有病床35张，有教授1人，副教授3人，主治医师4人，在中高级职称人员中，获博士学位者4人。该科医疗特色是腔镜泌尿外科手术，不仅种类齐全，手术覆盖范围广，而且起点高。它包括：经尿道前列腺电切术、经尿道前列腺汽化电切术、经尿道输尿管镜子碎石术、经皮肾镜碎石术、纤维膀胱镜检、纤维输尿管镜检术、尿道及膀胱镜检术、各种泌尿外科腹腔镜手术、X线及B超双定位体外震波碎石术和B超引导下前列腺穿刺活检术等。2000年该科又在全国率先开展腹腔镜下前列腺癌根治术和B超引导下经皮肾镜取石术。与此同时，该科还成功地开展男性学和肾移植业务。