----临床科室有急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、中医科、神经科、皮肤科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、康复医学科、肿瘤科、危重病监护科、麻醉科和综合科等16个一级专科，微创外科医学部、心血管医学部、骨科医学部等3个医学部，49个二、三级专科；医技科室有放射科、超声科、核医学科、检验科、病理科、激光科、药剂科、输血科、手术室、营养室和供应室等12个科室。还有广东省糖尿病防治研究中心和世健会中国糖尿病教员培训基地。
----1、 内分泌内科
----现有病床30张，有教授3人，副教授4人，讲师、主治医师9人；其中博士导师2人，硕士导师4人。该科对内分泌系统各种病种已形成一套较科学、系统、完整的诊疗常规，有关2型糖尿病临床特征和治疗的临床研究处于国内领先水平，对内分泌及代谢性疾病的临床诊治处于华南地区先进水平，成立了广东省糖尿病防治研究中心，广东省首家“糖尿病病友之家”，为世健会中国糖尿病教员培训基地。对糖尿病及其合并症、肥胖症、骨质疏松症、各种垂体瘤、巨人症、肢端肥胖症、皮质醇增多症、醛固酮增多症、嗜铬细胞瘤、肾上腺性异常症、性发育异常等的诊断和治疗具有丰富的临床经验，检测技术先进。
----2、 消化内科
----现有病床44张，有教授3人，副教授4人，讲师、主治医师7人；其中博士导师2人，硕士导师4人。该科对消化性溃疡结肠炎、胰腺炎、肝硬化、胃炎、胰腺癌、胃癌和结肠癌的临床诊治处于国内或省内先进水平，对胰腺癌的研究处于国内领先水平；是卫生部消化道药物临床药理基地。是省内最先开展内窥镜技术的单位之一，对胆石症十二指肠乳头肌切开取石、食道静脉曲张注射硬化剂或套扎治疗、消化道出血内镜下止血、消化道息肉切除、粘膜下肿瘤切除、食道、贲门窄的扩张术、内镜下胃造瘘术等，成功率达98.8%。
----3、 心血管内科
----现有病床38张，有教授4人，副教授2人，其中博士导师2人，硕士导师3人，该科在心律失常、心脏起博与心脏电生理方面的临床研究治疗处国内先进行列，是卫生部心血管药物临床药理基地，“紧急床边心脏起搏术”获国家专利，并列入卫生部“十年百项推广计划”。对各种心血管疾病，如：冠心病、高血压病、心力衰竭、心律失常、心瓣膜病、心肌炎、心肌病、感染性心内膜炎、先天性心血管病、心包疾病以及高脂血症等的诊治临床经验丰富，治疗技术精湛。
----4、 骨外科
----现有病床42张，有教授2人，副教授4人，主治医师3人，其中博士导师1人，硕士导师4人。该科在股骨头坏死、骨肿瘤、脊柱侧弯三维矫正、人工椎间盘及关节镜技术居国内领先或先进水平。1998年，国内首例应用自制“人工腰椎间盘”进行“腰椎间盘置换术”成功；1999年，国内率先开展软骨细胞移植术成功；2001年国内首例椎体成形术又获成功，MED椎间盘镜和关节镜技术也是国内最先开展的单位之一。
----5、 小儿血液科
----现有病床24张，有教授3人，副教授5人，主治医师2人，其中博士导师2人，硕士导师4人。该科在探索胚胎干细胞的培养分离方法以及将胚胎干细胞诱导为造血细胞的研究居世界先进行列；在小儿血液病的临床研究和诊治方面处于国内先进水平。对小儿肿瘤、白血病、地中海贫血、再生障碍贫血、特发性血小板减少性紫癜、缺铁性贫血等疾病的诊治具有十分丰富的临床经验，治疗手段先进。1998年1月，国内首次采用脐带血移植治疗重症β地中海贫血成功，现已做9例；采用外周血干细胞移植治疗重症地中海贫血3例；2000年国际首例非亲属脐带血治疗地中海贫血成功；急性淋巴细胞性白血病化疗5年治愈率达80%以上；均已达到国际水平。
----6、 妇产科内分泌与计划生育
----现有病床21张，有教授3人，副教授5人，主治医师4人；其中博士导师2人，硕士导师6人。该科对输卵管绝育及其可逆性研究居国内领先地位。在输卵管宫角植入、宫腔镜技术、激素补充疗法、妇科肿瘤、皮下埋植避孕、小儿妇科等方面分别处于国内、省内领先或先进地位，在治疗不孕症、月经病、老年妇科病、更年期综合征、绝经后骨质疏松症、子宫内膜异位症、妇科手术、药物结扎、输卵管结扎术后的再通治疗、避孕等方面具有丰富的临床经验，技术先进。
----7、 普外科
----现有病床100多张，有教授3人，副教授10人，主治医师12人，其中博士导师2人，硕士导师9人。该科对“肝癌外科治疗的基础与临床研究”和“肝细胞移植的基础与临床研究”在省内乃至国内形成较强优势，在世界上首次提出“肝静脉在肝外科切除的地位和作用”的理论，使肝外科有了突破性进展；在肝癌、门脉高压、胆石症、结肠癌、直肠癌、胰腺癌、乳腺癌晚期手术、疝修补术及腹腔血管外科诊治具有丰富的临床经验，居省内先进水平。有关大肝癌的二期切除和肝癌复发的再次手术及大肝癌的综合治疗居省内领先地位，率先在国内开展门脉高压症的病理脾保留、脾切除后脾移植手术。
----8、 口腔颌面外科
----现有病床35张，教授3人，副教授1人，主治6人；其中博士导师1人，硕士导师1人。该科在唇腭裂、颌面肿瘤、颅颌面外科等领域的基础与临床研究国内先进、华南地区领先，在唇腭裂序列治疗、颌面部颅底肿瘤切除、颌面部恶性肿瘤根治、口腔颌面外伤及颞下颌关节病的诊治、口腔颌面先天性后天性畸形的整复术、整容术、神经疾患等方面的诊治经验丰富，达国内先进水平。
----9、 皮肤科
----现有病床27张，有教授2人，副教授6人，主治医师7人，其中硕士导师7人。该科对红斑狼疮的临床研究取得重要成果，达国内先进水平，临床诊治10年成活率为78%，达国际标准。在性病、真菌病、牛皮癣、手部皮肤病、急慢性荨麻疹、激光治疗、湿疹与皮炎、水疱、各种秃发、痤疮、皮肤肿瘤、梅毒、淋病、湿疣疱疹等方面临床经验丰富，属省内一流水平。